La relación de la Fundación Valhondo con la Universidad de Extremadura se remonta a 1971, coincidiendo prácticamente con los inicios de la actividad universitaria en Cáceres en el Edificio de la Fundación Valhondo. Y no por casualidad fue precisamente en el edificio Valhondo donde tuvo su primera sede la Universidad de Extremadura en Cáceres. Desde entonces, la Fundación brindó ayudas a estudiantes cacereños con dificultades económicas para que pudieran seguir adelante con su formación universitaria.

En 1987 se produce un cambio en los fines de la Fundación y las becas pasan a otorgarse a estudios predoctorales, en apoyo a los jóvenes investigadores cacereños, por ser esta etapa de la formación universitaria la que tradicionalmente menos protegida está por otros tipos de ayudas estatales y autonómicas.

En el año 2004 se alcanza la cifra de 29 contratos de investigación, lo que supuso el mayor número de becas concedidas hasta la fecha. Estas ayudas han ido evolucionando con el tiempo y así, en el año 2008, se alcanza la plena homologación de las mismas como contratos predoctorales de investigación en igualdad de derechos y obligaciones que otros contratos, como los FPU, FPI , Junta de Extremadura etc.

Más recientemente, en el año 2019, los contratos predoctorales que concede la Fundación en convocatoria abierta y competitiva se han ajustado plenamente a lo previsto por la Ley de la Ciencia (Real Decreto 103/2019), lo que ha supuesto un aumento de más del 40% en la cuantía que perciben los beneficiarios.

En la actualidad se mantiene una convocatoria anual, que permite otorgar anualmente 4 nuevos contratos de duración trianual en las 5 áreas del conocimiento: biomédico, científico, tecnológico, social y humanístico.